徐州工程学院应用数学研究所是2023年12月经学校正式认定成立的校级科研机构，研究所旨在应用数学基础理论和方法研究具有实际背景的问题，探究和发展在生物种群、生物信息、传染病以及大数据技术和算法等领域中有普遍意义的数学理论和方法，进而促进数学学科的深远发展，提高科研水平，反哺教学工作。
研究所拥有教师9人，其中教授2人，副教授2人，讲师5人。研究所成员入选江苏省“333”中青年学术带头人培养对象2人次，入选江苏省“青蓝工程”中青年学术带头人培养对象2人次，入选江苏省科技副总2人次，入选江苏省“双创博士”2人次，研究所围绕生物种群、传染病、生物信息中基因组学和蛋白质组学等领域中的数学理论及应用，以及大数据技术和算法在一些实际问题中的应用展开深入研究。具体包括三个方面：1. 种群动力学和传染病动力学研究；2.生物信息中基因组学和蛋白质组学研究；3.大数据技术和算法及其应用。同时，研究所积极探索以科研促教学的实践方法，促进教学质量的提高。
研究所成员获批国家自然科学基金项目6项，省自然科学基金2项，省产学研项目2项，服务地方项目4项；在国内外重要期刊发表SCI论文80余篇；近三年科研到账经费200余万元。